《意见》提出，做好新形势下的水利建设项目监督检查工作，要处理好政府和市场、中央和地方关系，进一步明确各级水行政主管部门的事权和责任，完善工作机制，规范检查程序，改进检查方法，加强统筹协调，提高监督检查工作科学性和有效性。

　　《意见》强调，加强和改进水利建设项目监督检查工作，必须把握4项基本原则，一是围绕中心，服务大局；二是统筹协调，分工负责；三是分类实施，精简高效；四是查纠结合，务求实效。《意见》明确，监督检查工作要突出3项重点，一是严把政策落实关，突出做好对省级水行政主管部门履行建设管理职责的督查，督促各地按照对本地区水利工程建设管理负总责的要求，落实监管责任、完善规章制度、健全体制机制、强化监管力量，形成运转有效的工作机制。二是严把项目建设关，突出抓好大江大河治理等重大水利建设项目和中央有明确时限要求的民生水利建设项目的监督检查，认真检查工程规划立项、前期工作、招标投标、质量安全、资金使用和移民安置管理等情况。三是严把廉政风险防控关，加强对项目审批、招标投标、物资采购、资金使用管理等腐败易发多发、廉政风险较高环节的监督检查。

　　《意见》要求从9个方面建立健全监督检查机制。一是划分监督检查事权，明确水利建设监管主体责任；二是明确监督检查类型，按照综合检查、专项检查、项目检查三类实施；三是拟订监督检查计划，部有关司局年初研究提出监督检查和稽察工作计划，经综合协调后报部领导批准；四是制定监督检查方案，细化工作任务，明确检查要求；五是控制监督检查频次，综合检查原则上每年不超过1次，专项检查和项目检查的地点和项目要避免重复；六是创新监督检查方式，坚持综合检查与专项检查相结合，上级检查与自查自纠相结合，传统检查方式与现代科技手段相结合；七是督促发现问题整改，制定整改措施，确保监督检查成效；八是注重强化结果应用，建章立制，加强管理，堵塞漏洞；九是加大责任追究力度，对发现的违纪违法等重大问题及时移送驻部监察局依纪依法查处。

　　《意见》还提出了加强组织领导、明确各方责任、形成工作合力、改进工作作风等4个方面的工作要求。